A volte in SharePoint può comparire il seguente errore
Content databases contain orphaned items.
verificando con il comando PowerShell Get-SPContentDatabase e il suo metodo Repair
$db = Get-SPContentDatabase SP_Content_Portal
$db.Repair($false)
si può verificare quali sono gli elementi che danno errore, ad esempio:
<OrphanedObjects Count="1">
  <Orphan Type="SecurityScope"
     SiteId="{8CBCD65F-940C-49D7-A4E0-073257BC91A2}" 
     Name="HelpDesk/Lists/servicerequests/16812_.000" 
     InRecycleBin="No" />
</OrphanedObjects>
normalmente si può risolvere attraverso la central administration o con powershell
eseguendo i repair
$db.Repair($true)
può capitare che l'esecuzione da PowerShell dia questo errore (dalla Central Administration non c'è nessuna segnalazione)
Exception calling "Repair" with "1" argument(s): "Violation of PRIMARY KEY constraint 'Perms_PK'. Cannot insert duplicate key in object 'dbo.Perms'.
The duplicate key value is (8cbcd65f-940c-49d7-a4e0-073257bc91a2, 0x, HelpDesk/Lists/servicerequests/16812_.000).
The statement has been terminated."
anche con stsadm ottengo lo stesso messaggio
stsadm -o databaserepair -url http://sharepoint.sgart.local -databasename SP_Content_Portal -deletecorruption
Quando compare questo errore normalmente l'item è visibile da SharePoint ma non è possibile editarlo o elencarne le permission.
Per sistemarlo bisogna intervenire sul Database per recuperare lo scopeId orfano e l'id del documento.
Poi tramite la store proc_SecResetItemPerm si può resettare le permission in modo da ereditare dal parent.

Questo è le script T-SQL per eseguire la riparazione va impostato il parametro docName con il percorso ritornato nell'errore:
-- settare questa variabile con il percorso ritornato nellìerrore
DECLARE @docName nvarchar(256) = 'HelpDesk/Lists/servicerequests/16812_.000
'
-- splitto il nome per usarlo nelle query
DECLARE @i int =  LEN(@docName) - CHARINDEX('/', REVERSE(@docName)) + 1;
DECLARE @dirName nvarchar(256)=substring(@docName,0,@i)
DECLARE @leafName nvarchar(256)=substring(@docName,@i+1,  LEN(@docName))
SELECT @docName as docName, @dirName as dirName, @leafName as leafName

-- recupero lo scope id non associato (orfano)
DECLARE @siteid uniqueidentifier,
	@webid uniqueidentifier,
	@wrongScopeId uniqueidentifier,
	@docid uniqueidentifier
SELECT @siteid=siteid,@webid=webid,@wrongScopeId =scopeid
 FROM [Perms]
 WHERE ScopeUrl = @docName
 
SELECT @siteid as siteId, @webid as webid, @wrongScopeId as wrongScopeId

-- cerco l'ID del documento 
SELECT @docId=id
FROM AllDocs
where SiteId =@siteid AND WebId=@webid 
	AND DirName =@dirName and LeafName =@leafName

SELECT * FROM AllDocs WHERE ID=@docId
	
 DECLARE @return_value int,
 @NewScopeId uniqueidentifier,
 @RequestGuid uniqueidentifier

-- http://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh626037(v=office.12).aspx
EXEC @return_value = [dbo].[proc_SecResetItemPerm]
 @siteid, @webid,
 @wrongScopeId, @docName, @docId,
 @NewScopeId = @NewScopeId OUTPUT,
 @RequestGuid = @RequestGuid OUTPUT

SELECT @NewScopeId as N'NewScopeId',@RequestGuid as N'RequestGuid'

-- 0 = Successful execution.
SELECT 'Return Value' = @return_value
Verificate con attenzione i dati ritornati dalle query prima di eseguire la store procedure