Di default Visual Studio 2010 crea una solution con impostata la proprietà Reset Web Server Mode On Upgrade su StartStop (che è il comportamento di default). Questo vuol dire che ogni volta che si fa un deploy di una solution su un server di produzione il web server viene fermato e poi riavviato (come un IISRESET) con i relativi tempi di attesa.

Per evitare questo si può impostare la poriprietà su Recycle che fa solo un recycle dell'Application Pool, quindi un disservizio minore e si evita la visualizzazione dell'errore

HTTP Error 503. The service is unavailable
se durante l'upgrade qualche utente fa una richiesta.

Questa impostazione la trovi facendo doppio click sul Package nella finestra delle proprietà.

Nel manifest della solution viene aggiunta la proprietà ResetWebServerModeOnUpgrade impostata a Recycle
<Solution xmlns="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/" SolutionId="xxxx" 
  ResetWebServerModeOnUpgrade="Recycle" 
  SharePointProductVersion="14.0">
per aggiornare la soultion si può usare questo comando powershell
Update-SPSolution NomeSolution.wsp -LiteralPath $pwd\NomeSolution.wsp -GACDeployment