Mi è capitato uno strano problema deployando un Content Type per SharePoint 2013.
In pratica vedevo il content type nel sito ma questo aveva associato solo 2 campi anziché 10.
L'element.xml contenteva questo xml:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<Elements xmlns="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/">
  <!-- Parent ContentType: Item (0x01) -->
  <ContentType ID="0x01007BB0B1B886E8415AB14C2B11C7B3CBE3" Name="SR" Group="HD" Description="" Inherits="TRUE" Version="0">
    <FieldRefs>
      <FieldRef ID="{1B33B592-1ACD-4E11-9ACF-E771B936CDAF}" Name="Application" DisplayName="Application" Required="TRUE" />
      <FieldRef ID="{A9C1E820-7E22-4B27-8585-C17317C5E8D3}" Name="Project" DisplayName="Project" Required="TRUE" />
      <!-- campo lookup preso da area -->
      <FieldRef ID="{2E690280-0E49-4CF5-BA99-BDE449DD93CF}" Name="CopyTo" DisplayName="Copy to (Cc)" />
   ...
  </ContentType>
</Elements>
i campi che vedevo associati al content type erano solo Application e Project, mancavano tutti gli altri..

Il problema era il commento che avevo inserito:
      <!-- campo lookup preso da area -->
questo interrompeva l'elaborazione dell'element.xml... senza dare alcun errore sia sull'attivazione delle feature che nel log, sembrava tutto a posto.

Tolto il commento tutto a funzionato correttamente.

La cosa è molto strana in quanto sia SharePoint 2007 che 2010 accettano tranquillamente il commento.

La versione di SharePoint 2013 in cui mi è capitato il problema è la: 15.0.4420.1017