In SharePoint Designer 2007 mi è comparso questo errore salvando un workflow esistente.
Qualsiasi workflow che creavo, anche vuoto, o alla modifica di uno esistente, al salvataggio dava questo errore:
Unexpected error on server associating the workflow

Il problema è causato da un riferimento rimasto nel web.config ad una DLL non più esistente sulla macchina.

Per risolvere il problema bisogna verificare che tutti gli assembly presenti nella sezione System.Workflow.ComponentModel.WorkflowCompiler / authorizedTypes siano effettivamente presenti sulla macchina ed abbiano gli stessi valori di Versione, Culture e PublicKeyToken.
Una volta individuati gli assembly non corretti rimuovere la riga corrispondente nel web.config
Esempio:
XML
<System.Workflow.ComponentModel.WorkflowCompiler>
    <authorizedTypes>
      ...
      <authorizedType Assembly="xxxx, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=xxxxxxx" Namespace="xxxxx.*" TypeName="*" Authorized="True" />
      ...
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