Mi è capitato questo errore con un progetto ASP.NET 3.5 in C# e Visual Studio 2010 Express e un file di risorse App_GlobalResources\Res.resx, in pratica non trova il namespace Resources.
Il problema si verificava con istruzioni di questo tipo:
PageTitle.Text = Resources.Res.PageNotFound404;
mentre funziona correttamente all'interno della pagina aspx
<asp:Literal Text="<%$ Resources:Res,PageNotFound404 %>" runat="server" />

Per risolvere il problema ho dovuto cambiare la proprietà Custom Tool del file Res.resx da GlobalResXFileCodeGenerator (il default) a PublicResXFileCodeGeneratore la proprietà Build ActionResource da Content a Embedded Resource
In questo punto potevo accedere alle risorse, da codice, tramite il namespace App_GlobalResources, ma stranamente non con il namespace Resources.
PageTitle.Text = App_GlobalResources.Res.PageNotFound404;
mentre a livello di pagina aspx non è variato il comportamento
<asp:Literal Text="<%$ Resources:Res,PageNotFound404 %>" runat="server" />